市交通運輸局設下列內設機構(均為正股級)
   （一）辦公室。協助局領導綜合協調政務、業務工作；承擔綜合性政策調研工作，起草、審核綜合性文字材料；負責機關文電、會務、機要、檔案、保密、督查、政務公開、信息宣傳等工作；歸口管理機關行政、后勤、接待工作；組織協調史志編修政務值守工作；綜合協調人大代表建議和政協委員提案的辦理；負責固定資產管理和政府采購工作；負責局機關和局屬單位紀律檢查、監察工作。

   （二）人事股。負責局機關并指導監督所屬單位干部人事管理、人事檔案、機構編制管理、工資、職工養老和醫療保險等工作；負責交通運輸業務培訓工作；協助有關部門組織開展交通運輸專業技術職稱評審及技術工種職業技能鑒定、等級考核、教育培訓等工作；指導交通運輸行業職業技術教育、繼續教育工作負責局機關及所屬單位出國(境)人員的政審和證件管理工作；負責單位績效評估管理工作；承擔局機關并指導局所屬單位意識形態工作和干部教育培訓工作；負責行業內僑務、外事和統戰工作；負責行業內共青團工作；負責婦女、兒童工作;負責系統內離退休人員管理服務工作；承擔局黨組日常工作，負責機關黨建工作；負責指導局屬單位黨建工作；負責局機關精準扶貧工作。

   （三）財務審計股。制定有關財務管理制度并監督執行，指導監督所屬單位財務工作；負責管理交通運輸系統非稅收入征收工作,負責局機關財務、專項資金管理工作，負責預算資金的申請、撥付和監督執行；負責所屬單位內部審計、所屬單位領導干部任期經濟責任審計、交通基礎建設和養護資金的監督檢查，負責國、省投資的市管交通基礎建設的竣工決算審計。
   （四）法制審批股。組織實施交通運輸法律、法規、規章、政策；承擔局機關重大行政決策和規范性文件的合法性審核工作；承辦局行政復議和行政應訴工作；承擔交通運輸行政執法監督工作，負責交通運輸行政執法資格管理工作；牽頭實施行政權力清單制度；負責擬定交通運輸行政審批事項管理規定、制度并組織實施；負責行政許可事項的統一受理，會同有關股室辦理交通運輸行政審批和政務服務事項；負責行政審批事項的繳費、制證(文)蓋章、發證(文)等工作；承擔交通運輸行政審批和管理服務事項的綜合協調，組織協調行政許可事項的調研論證；負責行政許可事項辦理資料歸檔和信息統計工作；承擔與行政許可相關的其他工作；管理交通運輸政務窗口工作；負責行業互聯網+工作。

   （五）安全監督股(應急辦公室)。貫徹執行交通運輸行業安全生產、應急管理政策和技術規范標準；組織擬定全市交通運輸行業安全生產監督管理、應急管理政策規則、制度并監督實施負責交通運輸行業安全生產和應急體系管理；指導協調全市交通運輸行業安全生產監督管理工作和應急管理工作；組織擬定全市交通運輸行業應急預案并監督實施；參與交通運輸事故調查處理；負責交通運輸系統內消防工作；承擔局安全生產領導小組的具體工作。
   （六）計劃統計股。組織編制和監督實施交通運輸發展規劃有關專項規劃和年度計劃；參與擬訂物流等與交通運輸相關的其他行業發展規劃；擬訂全市交通基礎設施建設投資規模、方向和資金安排計劃建議；負責權限內交通基礎設施建設項目的預可工可、初步設計、一階段施工圖設計審查或審查報批工作；負責全市交通運輸行業統計工作；負責管理和指導全市交通運輸行業的科技推廣、信息化、標準化和科技教育工作；組織擬訂交通運輸行業科技、教育、信息化發展規劃和計劃，組織協調交通重大科技項目研究和成果推廣。

   （七）基本建設股。負責貫徹執行公路水運建設行業政策技術標準；負責監管和指導全市公路、水運工程及城鄉客貨運輸基礎設施建設市場；對公路、水運建設工程招投標實施監督與管理；負責市管公路、水運建設工程施工圖設計審查、施工許可審核和組織竣工驗收等工作；監督管理市管公路、水運建設工程質量和造價控制、施工安全等有關工作。

   （八）道路運輸管理股。負責全市道路客貨運輸、運輸服務市場的行業管理；牽頭擬訂城鄉客運發展規劃并監督實施，參與擬訂全市運輸樞紐、站場等的布局、規劃；負責城鄉道路運輸市場管理及運輸線路、營運車輛和運輸樞紐、場站等監督管理工作；負責公共汽車、出租汽車運輸市場監督管理工作；負責車輛維修行業、營運車輛綜合性能檢測行業、機動車駕駛員培訓市場監督管理工作；按規定承擔物流市場有關管理工作；指導全市道路運輸安全生產、應急管理、節能減排和污染防治工作，歸口管理交通運輸行業節能減排和污染防治工作；組織協調道路重點物資運輸和緊急客貨運輸；負責油補工作；承擔全市春運綜合協調職責。

(九)水路運輸管理股。承擔全市水路運輸市場監管工作擬訂水路運政、航政、港政相關規定、制度并監督實施;參與擬訂水路運輸管理地方性政策和標準、水路運輸發展規劃并監督實施，擬訂航道、港口、碼頭等運輸設施養護管理辦法并監督實施;負責港口航道設施建設使用岸線布局的行業管理，負責營運船舶、漁業船舶和船員的監督管理工作;負責航道和港口行政管理工作指導全市水路運輸安全生產、應急管理及節能減排和污染防治工作;負責交通血防工作。

（十）公路管理股。負責貫徹執行國家、省市有關公路管理建設的相關政策規定和技術標準，組織編制并指導實施公路基礎設施建設管理和養護規劃；承擔全市公路調查、統計和路況技術標準評定工作；監督管理公路養護工程基本建設程序、招投標和工程質量安全工作，按規定負責公路養護工程施工許可審核和組織竣工驗收工作；負責轄區內公路路政管理工作，指導全市公路應急保暢相關工作；指導全市公路管理、養護的節能減排和污染防治工作；承擔全市車輛超載超限治理綜合協調職責。負責貫徹執行農村公路建設養護管理政策和技術規范，組織開展有關技術研究和經驗交流；參與審核農村公路建設計劃，指導監督農村公路建設及窄路加寬、危橋改造、安保工程等項目建設質量、安全及竣工驗收，組織農村公路建設檢查；負責全市農村公路建設情況信息綜合和數據庫管理。

   （十一）信訪辦公室。負責交通運輸系統的政法、綜合治理、信訪維穩工作；負責指導交通改制企業遺留問題處置工作；負責協辦交通運輸行業改制企業人員社會保險工作；負責維護改制企業穩定工作；負責機關的安全保衛工作。

    沅江市國防動員委員會交通戰備辦公室。負責編制國防交通網絡布局，擬訂國防交通保障計劃，參與國防交通工程建設相關工作；負責全市國防交通和交通領域軍民融合相關工作；負責國防交通物資儲備和更新工作；負責全市交通運輸專業保障隊伍建設和管理；負責全市運力動員和征用。